讓我們面對現實， 凝膠電泳是一種痛苦。它需要制作緩沖液，澆注凝膠，加載孔，跟蹤它們的遷移，成像和記錄結果并處理數據 - 然后處理有毒廢物 - 所有這些都要評估一些大分子的相對遷移。預制凝膠和預制緩沖液使事情變得容易一些，但許多研究人員仍然歡迎在核酸（和蛋白質）分析工作流程中實現更多自動化。現在，由于自動凝膠電泳系統，他們可以得到它。
幾種 商業系統能夠使運行凝膠所需的一些或所有步驟自動化。與平板凝膠電泳一樣，這些系統利用了大分子響應電場而通過晶格網狀凝膠差異遷移的傾向。安捷倫科技公司營銷和支持經理Knut Wintergerst表示，在很大程度上，自動電泳可以完成平板凝膠的大小測定，定量，尋找完整性/雜質和DNA片段分析。
然而，在大多數情況下，這些網狀物包含在狹窄的外殼內，例如玻璃或聚合物毛細管或微流體通道。當大分子穿過凝膠時，它們會拾取熒光染料，使儀器的光學系統能夠在它們經過時檢測到它們。這使研究人員可以即時查看分離，并立即自動記錄和數字化存檔。21 CFR Part 11合規包通常可用。
此類儀器還具有手動操作時間，總體速度，易用性，再現性和/或樣品要求等額外優勢 - 在某些情況下，只需1μl的5 pg /μlDNA溶液就足夠了。
此外，諸如Agilent 2100生物分析儀等儀器可用于測量使用平板凝膠無法實現的RNA完整性評估，Wintergerst說。“RNA是一種非常脆弱的分子，”他說。“在你將RNA轉錄成cDNA之前，你需要確保它具有良好的質量。”2100生物分析儀軟件將神經網絡算法應用于從電泳圖中提取的各種參數（由儀器生成的數字軌跡）評估樣品的完整性，為其指定1**10的RNA完整性等級（RIN）評分，其中10表示高質量樣品，1或2表示高度降解的RNA。RIN已成為行業標準; 此后，其他RNA完整性評分算法也得到了發展，并且通常會采取很大的痛苦來證明它們與RIN的相關性（例如， Bio-Rad Laboratories的Experion™ RNA質量指標，RQI）。
一些自動電泳系統，如Bioanalyzer和Experion，可以同時處理十幾個或更少的樣品，并且基本上可以從裝載平板凝膠的同一點自動化。對于這些，將凝膠（篩分聚合物）/染料混合物在壓力下壓入微流體芯片的通道中，然后將樣品手動移液到孔中。施加電壓后，樣品通過芯片的架構傳輸。試劑盒 - 包括具有不同內部構型的凝膠，試劑和芯片 - 設計用于不同尺寸范圍的DNA，標準或高分辨率甚**蛋白質分離。
其他儀器建立在多重毛細管電泳（CE）平臺上，對于Qiagen的QIAxcel**系統，“針對所有每天進行12次以上樣品的客戶，”產品經理SebastianBühren說。通過迭代使用12毛細管陣列和自動進樣器，QIAxcel無需人工干預即可處理多達96個樣品。其他自動化CE儀器，如Advanced Analytical Technologies的Fragment Analyzer™，可以使用12或96毛細管陣列購買。此類系統通常可以從微管或96孔板采樣，并且許多系統具有內置自動采樣功能或設計為機器人兼容。
還有一些，例如PerkinElmer的LabChip®系統，使用自動毛細管“吸管”將樣品從多達384孔板加載到微流控芯片上。
對于Life Technologies的E-Gel®系統，“其自動化部分是整個上游工藝，”**產品經理Mazen Karaman解釋道。該裝置可以放在自動化平臺上，因為48孔或96孔板的E-凝膠是干燥的并且用塑料包裹，它們可以通過機器人夾具操縱。卡拉曼補充說，由于井的定義非常明確，因此很容易將它們映射到自動化平臺上進行自動裝載。
雖然E-Gel上通常需要比基于微流體或CE的系統更大的樣本量，但實際上這可能是一種資產。通過使帶進入第二個切口孔可以回收純化的樣品。因為當樣品進入第二個孔時E-凝膠是干燥的，所以可以將其移液到水，TE或其他緩沖液中。
還有較小的12通道E-Gels可用于樣品回收。這些凝膠可以在運行時使用配套燈箱和相機設置自動成像。（Lonza的FlashGel是一個類似的系統。）卡拉曼說，研究人員并不傾向于用機器人技術自動化這些小型系統。
電子凝膠系統的資本成本與傳統的平板凝膠鉆機相當，其耗材成本與預制凝膠大致相同。另一方面，微流體和CE系統需要**少10,000美元以及消耗品的資本支出。（Bühren稱其為“現場**便宜的”QIAxcel消耗品，每個樣品起價為30美分**1美元，具體取決于應用。）
在計算自動電泳系統的價格時，請問：什么價格時間？什么價格準確？什么價格再現？然后決定是否值得花費。
