在CE中，用水制備緩沖液，空白樣品，標準液并沖洗毛細管。為了增強CE系統的性能，重要的是使用不含污染物的水。

顆粒
用于制備緩沖液的水中存在顆粒可能會堵塞毛細管。 

離子
為了獲得可重現的結果，緩沖液的離子強度需要在每次運行之間保持恒定。用于制備緩沖液的水需要始終保持低離子污染。

有機物
被有機物嚴重污染的水可能導致電泳峰出現偽峰，和/或導致背景增加，這可能意味著靈敏度降低。