酸酶（DNase，RNase）

通過凝膠電泳分析的DNA和RNA分子必須保持完整。有害核酸酶的存在會(huì)降解樣品中的核酸，并且不會(huì)檢測(cè)到目標(biāo)分子。（有關(guān)更多信息，請(qǐng)參閱關(guān)于無RNase的水的單獨(dú)部分）。

離子/金屬
必須保持用于制備凝膠和運(yùn)行緩沖液的緩沖液的離子強(qiáng)度和pH值。高水平離子的存在會(huì)改變?nèi)芤旱碾x子強(qiáng)度。

細(xì)菌
被細(xì)菌污染的水可能包含降解副產(chǎn)物，如核酸酶和離子，如前所述，它們會(huì)影響核酸的凝膠電泳。

在實(shí)驗(yàn)中，來自大腸桿菌的 rRNA將其加載到瓊脂糖凝膠上。用兩種類型的水制備凝膠和緩沖液：純凈水（類型2）和超純水（類型1）。結(jié)果如圖1所示。在超純水制備和運(yùn)行的凝膠中，獲得了更高的信號(hào)/譜帶強(qiáng)度。

圖1：rRNA的瓊脂糖凝膠電泳。使用純凈和超純水制備凝膠和緩沖液。超純水的帶強(qiáng)度較高。