與其他分析方法（如HPLC，GC，SDS-PAGE）相比，毛細(xì)管電泳提供了更多的優(yōu)勢(shì)，其中包括分析速度，分析成本和簡(jiǎn)單的方法開發(fā)。首先考慮的是所需系統(tǒng)的類型。毛細(xì)管電分離有多種方法，包括毛細(xì)管區(qū)帶電泳，毛細(xì)管等電聚焦，毛細(xì)管凝膠電泳儀等。第二個(gè)考慮因素是系統(tǒng)的吞吐量; 儀器可以運(yùn)行多少個(gè)樣品。