不同大小的核酸和蛋白質將直接影響凝膠的類型,因此,對于該過程是理想的槽。對于觀察大核酸序列(通常為50bp**20,000bp)的實驗室,應使用瓊脂糖凝膠。或者,對于觀察蛋白質或較小核酸序列(通常為5bp**500bp)的實驗室,應使用PAGE凝膠。瓊脂糖凝膠在具有水平取向的槽中運行,而PAGE凝膠在具有垂直取向的槽中運行。
手工澆鑄凝膠可以具有諸如能夠調節用于PAGE凝膠的瓊脂糖和丙烯酰胺和雙丙烯酰胺的濃度的益處。手工澆鑄和預制凝膠之間的價格差異在決定購買什么時也起作用。手工澆鑄凝膠的過程可能是一個令人沮喪的領域,許多研究人員都知道。除此之外,用于澆鑄凝膠的時間可以消除在加入技術人員時間時的任何潛在的成本節省。許多供應商提供各種濃度的預制凝膠,它們可以帶有已經內置的梯子。這可以大大簡化運行凝膠的過程,釋放研究人員來完成其他任務。
實驗室的樣品通量要求可能會影響所需的罐類型。對于運行少數樣品的實驗室,有多種單或雙罐設計用于迷你凝膠,確保試劑成本和運行時間保持**小。對于運行大量樣品的實驗室,有許多選項用于增加罐的尺寸,一些提供了同時運行多達12個全尺寸凝膠的能力。